Como Resultado da reforma administrativa do Governo do Estado, cujo marco é Lei Complementar 049 de 31/01/2003, o IPA ampliou sua competência de entidade voltada para Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) e Produção de Bens e Serviços agropecuários (PBS), incorporando as atividades de Assistência Técnica e Extensão Rural - ATER, de Infra-Estrutura Hídrica - IEH. A Missão do IPA foi então definida em 2003, tendo como base a incorporação de novas atividades contidas no Plano Diretor 2003/2007.

A partir de 2007, com a posse do novo Governo é ralizado Plano Plurianual - PPA 2008-2011 que define os princípios e orientações estratégicas contidas na revisão do realizado pelo GOverno de Pernambuco através da Secretaria de Planejamento de Gestão - SEPLAG, especialmente no que se refere ao novo Mapa da Estratégia 2009, cuja finalidade é contribuir para redução da pobreza em todas as regiões de Pernambuco. No caso específico do IPA, o foco principal dessas ações é apoiar o desenvolvimento agrário de Pernambuco, com forte opção pelo fortalecimento e consolidação da agricultura familiar.

O Programa de gestão Estratégica do Instituto Agronômico de Pernambuco - IPA (PGE-IPA) 2009-2011 tem por finalidade potencializar sua capacidade de construir conhecimento com vistas a apoiar o desenvolvimento agrário sustentável do Estado, e manter seu alto nível tecnológico e sua liderança na região no âmbito da pesquisa agropecuária.

Esse conjunto de abordagens incorpora novos conceitos, em particular aquele referente ao negócio e ao conjunto de atividades da organização.